L’antica Pieve di Cividate sorse nel V-VI sec. d.C. su un preesistente luogo di culto pagano. Durante gli scavi del 1949 è stato messo in luce il primitivo livello costruttivo, costituito da un ambiente a tre absidi. L’istituzione pievastica, centro di irradiamento del cristianesimo nella zona, ma anche fulcro economico ed amministrativo, raccolse l’eredità della centralità di Cividate in epoca romana.
Nell’XI secolo l’edificio  fu ampliato e ricostruito in forme romaniche, come contemporaneamente avviene per la chiesa di S.Stefano. Le sopravvivenze architettoniche di questa fase si limitano alla porzione inferiore della torre campanaria, che conserva tracce dell’antico nartece ( atrio d’ingresso all’edificio ecclesiastico ) altomedioevale, e alla parte absidale nella quale si evidenziano gli elementi caratteristici di questo stile. Il fronte absidale presenta un paramento murario che testimonia una notevole perizia costruttiva. Fra corsi regolari di conci di pietra si notano inserimenti di mattoni in cotto disposti a spina di pesce, quasi una citazione di una tecnica in uso in epoca romana, denominata opus spicatum. Aperture successive hanno compromesso l’assetto originale di cui restano due strette monofore laterali, all’interno degli spazi scanditi da sottili lesene.
Nel XV secolo l’edificio fu nuovamente ampliato, con l’allungamento della navata che ingloba l’antistante chiesa battesimale, dedicata a S.Giovanni Battista. Questa anomala situazione viene documentata dalle visite pastorali controriformistiche e nel 1580 S.Carlo Borromeo ne ordina la modifica.
All’inizio del ‘700 si diede inizio alla definitiva trasformazione della chiesa, in forme barocche, la prima pietra venne posta nel 1706. Alla ricostruzione parteciparono attivamente gli abitanti di Cividate, sia attraverso la donazione di beni in natura e in denaro, sia fornendo giornate lavorative.
Nel 1752 hanno termine i lavori, ma la chiesa assume l’assetto definitivo con la collocazione del portale d’ingresso in marmo, nel 1780 e l’innalzamento del campanile di 8 metri nel 1877.
L’interno conserva numerose opere d’arte fra le quali si segnalano la pala raffigurante “Madonna con Bambino e i Santi Stefano, Lorenzo, Giovanni Battista e Gerolamo” di Callisto Piazza, del 1529; la “ Pala dell’Assunta”  di Pietro Scalvini, del 1750, l’altar maggiore, pregevole opera marmorea del 1752 e affreschi di Antonio Guadagnini del XIX secolo.